创建于1956年，是新中国最早成立的哲学系之一，创系诸老胡曲园、全增嘏、严北溟、王蘧常、陈珪如等先生为院系奠定了深厚的人文和思想底蕴。以复旦大学百年校庆和哲学系建系五十周年为契机，2006年正式改为哲学学院，目前下辖哲学系、宗教学系、国学项目（本科培养方向）、逻辑与科学哲学系（筹）。
学院以“扎根学术、守护思想、引领时代”为精神传统，在六十多年的发展过程中，通过几代学人的共同努力，逐步形成了师资力量雄厚、学科门类齐全、学科特色鲜明的格局。特别是改革开放以来，保持了全球开放和国际合作的良好氛围，形成了与柏林自由大学、巴黎高师、巴黎一大、法兰克福大学、乔治敦大学等高校的制度化合作机制。近年来学院又在艺术哲学和艺术理论学科多方引进人才，投入资金，以期在艺术与人文的结合方面发展新的学科增长点。
目前拥有2个本科专业（哲学、宗教），2个本科培养方向（国学、逻辑与科学哲学），3个本科第二专业（哲学、宗教、逻辑与科学哲学），9个硕士点，2个英文硕士项目(中国哲学与文化、中国宗教)，10个博士点，1个博士后流动站，1个国家一级重点学科（哲学，2007年），3个国家二级重点学科（马克思主义哲学、外国哲学、中国哲学），1个教育部人文社科重点研究基地（当代国外马克思主义研究中心），1个哲学社会科学国家创新基地，以及17个研究中心和研究所。
在国内和全球学科排名方面，学院近年来成绩突出。2012年在教育部学科排名中名列第三，在世界QS大学学科排名中名列第15名，亚洲第1名。2017年入选国家“双一流”学科建设名单。