创建于1956年,是新中国最早成立的哲学系之一,创系诸老胡曲园、全增嘏、严北溟、王蘧常、陈珪如等先生为院系奠定了深厚的人文和思想底蕴。以复旦大学百年校庆和哲学系建系五十周年为契机,2006年正式改为哲学学院,目前下辖哲学系、宗教学系、国学项目(本科培养方向)、逻辑与科学哲学系(筹)。
学院以“扎根学术、守护思想、引领时代”为精神传统,在六十多年的发展过程中,通过几代学人的共同努力,逐步形成了师资力量雄厚、学科门类齐全、学科特色鲜明的格局。特别是改革开放以来,保持了全球开放和国际合作的良好氛围,形成了与柏林自由大学、巴黎高师、巴黎一大、法兰克福大学、乔治敦大学等高校的制度化合作机制。近年来学院又在艺术哲学和艺术理论学科多方引进人才,投入资金,以期在艺术与人文的结合方面发展新的学科增长点。
目前拥有2个本科专业(哲学、宗教),2个本科培养方向(国学、逻辑与科学哲学),3个本科第二专业(哲学、宗教、逻辑与科学哲学),9个硕士点,2个英文硕士项目(中国哲学与文化、中国宗教),10个博士点,1个博士后流动站,1个国家一级重点学科(哲学,2007年),3个国家二级重点学科(马克思主义哲学、外国哲学、中国哲学),1个教育部人文社科重点研究基地(当代国外马克思主义研究中心),1个哲学社会科学国家创新基地,以及17个研究中心和研究所。
在国内和全球学科排名方面,学院近年来成绩突出。2012年在教育部学科排名中名列第三,在世界QS大学学科排名中名列第15名,亚洲第1名。2017年入选国家“双一流”学科建设名单。